Existem vários tratamentos para condilomas (lesões visíveis). Alguns estudos têm mostrado que os tratamentos mais comuns têm a mesma eficácia, tanto em homens quanto em mulheres, fazendo desaparecer os condilomas, e as mesmas limitações em garantir ausência de recorrências. Assim, a escolha de qual tratamento para os condilomas deve ser discutida entre médico e paciente. Algumas obrigarão repetidas visitas ao médico, o que pode ser oneroso se a paciente tem que arcar com este custo ou com a perda de horas de trabalho e custos com transporte. Neste caso medicamentos que permitem a autoaplicação são mais indicados. Todavia, lesões em áreas úmidas normalmente precisam ser tratadas pelo médico em consultório. Também, quando a paciente não tem que pagar pelo tratamento, o uso de medicamentos pela própria paciente pode implicas em maiores custos. Entre os tratamentos utilizados pelos médicos, podem ser uma simples aplicação de uma substância química (podofilina ou ácido tricloroacético) ou até a sua cauterização com bisturi elétrico ou retirada cirúrgica. Normalmente lesões únicas ou em pequeno número são tratadas com substâncias químicas. Já lesões extensas ou múltiplas podem ser mais eficazmente tratadas pela cauterização ou cirúrgicamente. Em algumas situações, os médicos podem preferir a combinação de métodos, começando com um mais simples e tratando mais agressivamente as lesões mais resistente. Já os tratamentos que a própria paciente pode aplicar incluem a podofilotoxina e o imiquimod. Ambos têm alta eficácia, mas diferem muito no preço.

Não existe muita discussão quanto à necessidade de tratar os condilomas: incomodam visualmente e podem produzir sintomas. Já quanto a tratar as lesões muito pequenas ou planas, existe alguma controvérsia. A maioria dos pesquisadores recomenda tratar apenas quando está presente uma lesão pré-maligna do colo, vagina, vulva ou pênis (lesões de alto grau). Em algumas situações, lesões menos relevantes também podem ser tratadas, mas esta é uma decisão de exceção.

Esta recomendação está baseada na baixíssima probabilidade de progressão das lesões de baixo grau para o câncer cervical. Ainda assim, quando existe alguma progressão, esta não se dá diretamente para o câncer, mas para uma lesão de alto grau, facilmente detectada e tratada se a paciente mantém seu seguimento com o médico assistente.

Quando não existem lesões, a infecção pelo HPV não tem tratamento específico, pois não existe um medicamento específico contra este vírus.

Ressaltamos que os tratamentos podem eliminar as lesões visíveis, mas alguns vírus poderão permanecer nas vizinhanças. Estes vírus podem permanecer num estado latente e podem causar o desenvolvimento de novas lesões no futuro.

Assim, nenhum tratamento garante a cura total e o não aparecimento de novas lesões. Uma pessoa tratada deve ser reexaminada periodicamente para verificar se novas lesões apareceram.

Outro fato a considerar é que não existem evidências de que um casal em que ambos estejam contaminados se beneficiará da abstinência sexual. Alguns estudos sugerem que o uso da camisinha pode ser benéfico, aumentando a chance de regressão de lesões leves na mulher e no homem. Se pensarmos que também previne a transmissão de outras doenças sexualmente transmissíveis, concluímos que seu uso pode ser interessante mesmo em casais em que ambos já tenham adquirido o HPV.