Tanto a vacina quadrivalente (MSD) e bivalente (GSK), disponíveis nas clínicas de vacinação no Brasil, tem demonstrado alta eficácia em prevenir a infecção pelo HPV e lesões do colo do útero causadas pelos tipos oncogênicos presentes em sua composição (16 e 18) e alguma eficácia em proteger contra a infecção por outros tipos com alguma semelhança aos tipos vacinais (proteção cruzada).

A vacina quadrivalente, distribuída gratuitamente no Brasil para meninas e, a partir de 2017, meninos entre 9 e 13 anos, também tem demonstrado alta eficácia em prevenir condilomas, usualmente causados por tipos não oncogênicos do HPV.

Essa alta eficácia foi observada em mulheres entre 18 e 26 anos que não tiveram contato com o HPV e tomaram as três doses recomendadas. A possibilidade de contato prévio com o HPV ou ter deixado de tomar uma das doses reduziu significativamente a eficácia em prevenir infecção e lesões. Por esse motivo, a recomendação de uso na maioria dos países é em meninas, numa faixa de idade em que a maioria ainda não tenha iniciado a vida sexual, garantindo ausência de contato com o HPV. Também, como nessa faixa etária, a produção de anticorpos é bem maior do que em mulheres mais maduras e, assim, foi possível definir um esquema vacinal em duas doses (0 e 6 meses), facilitando sua aplicação.